I diplotipi sono le combinazioni dei due polimorfismi, combinazioni perché i 2 polimorfismi sono in linkage disequilibrio, cioè 2 marcatori genetici sono associati tra loro e sapere il genotipo di uno quasi sempre si sa il genotipo di quell’altro. Il problema che ci si pone facendo uno studio di questo tipo è interpretare, nel senso che questo è uno studio “osservazionale”: io scelgo i polimorfismi e dopo di che faccio i genotipi e faccio i test statistici.
I diplotipi sono le combinazioni dei due polimorfismi, combinazioni perché i 2 polimorfismi sono in linkage disequilibrio, cioè 2 marcatori genetici sono associati tra loro e sapere il genotipo di uno quasi sempre si sa il genotipo di quell’altro. Il problema che ci si pone facendo uno studio di questo tipo è interpretare, nel senso che questo è uno studio “osservazionale”: io scelgo i polimorfismi e dopo di che faccio i genotipi e faccio i test statistici.
A questo punto essendo biologi e non statistici dobbiamo spiegare, intanto si può andare a fare una ricerca in letteratura in cui si sono trovati diversi articoli che dimostrano che MDR1 può conferire resistenza attraverso il trasporto di una molecola antiapoptotica che anche quando il farmaco induce apoptosi quella molecola induce alla cellula di andare avanti, addirittura è stato messo in relazione con il trasporto di alcune citochine come IL-2, IL-4, INF-ϒ e più recentemente anche IL-6 che sono di per se antiapoptotici.
Si deve dare una spiegazione funzionale ai polimorfismi, per il polimorfismo triallelico la situazione è abbastanza semplice in quanto è un polimorfismo missenso e ho un cambiamento di aa e anche a logica posso immaginarmi che questo rifletta una differenza in qualche particolare funzione di quella proteina.
Per il polimorfismo diallelico un’altra spiegazione un po’ più convincente può essere questa: a noi è stato sempre detto che cambiare una C o una T non serve a niente che tanto l’aa codificato da quella tripletta in quella posizione sarà sempre un isoleucina in questo caso; il fatto che l’aa non cambia ha una differenza fondamentale e cioè che cambio comunque il codone che uso per codificare quelsto aa.
Allora se per l’isoleucina in questione il codone è per es. AAC ed è quello più utilizzato la cellula ha pronti tanti tRNA AAC per l’isoleucina e magari pochissimi AAT che codificano sempre per l’isoleucina ma la cellula non lo usa praticamente mai perché il più usato è AAC, nel momento in cui io vado a cambiare il codone dal punto di vista strutturale e funzionale non cambia nulla, ma quando la richiedta è alta si ha un effetto che non è dato tanto dalla componente genetica ma quanto da una componente quantitativa.
Fondamentalmente la trascrizione si ferma non ho più tRNA AAT si ha un blocco dell’induzione o comunque un’alterazione dell’espressione senza però avere altri effetti genetici, le popolazioni dei codoni di tRNA nella cellula sono fisse e non casuali cioè sono effettivamente in proporzione della quantità di codoni di quell’aa che nella cellula c’è, piuttosto che di un codone equivalente ma magari meno utilizzato.
Questo è un esempio che ci fa vedere anche un polimorfismo silente merita la giusta attenzione e considerazione perché può effettivamente avere un effetto su quella che è la funzionalità di una proteina. A tutto ciò c’è da aggiungere che tutte queste variabili cambiano da persona a persona da contesto a contesto e da etnia ad etnia.
