L’RNA polimerasi ha strutture particolari come la pinna e la ganascia, porzioni mobili dell’enzima che in questo caso sono chiuse perché la polimerasi sta svolgendo il suo lavoro di sintesi; è presente anche una breve regione di elica DNA-RNA. I ribonucleotidi trifosfato passano in un canale prima di raggiungere il sito attivo.
Differenza tra dna e rna
La RNA polimerasi presenta un solco in cui scorre il DNA, aperto per l’attività elicasica, e viene letto. Mentre il DNA è rappresentato in giallo, l’RNA è in azzurro.
Altre differenze tra dna e rna – polimerasi
Sia l’RNA polimerasi che la DNA polimerasi possono aggiungere nucleotidi ad un filamento esistente, estendendone la lunghezza. Ma c’è una grande differenza tra le due classi di enzimi: l’RNA polimerasi può iniziare un nuovo filamento mentre la DNA polimerasi non può. Quindi, durante la replicazione del DNA, per iniziare deve essere sintetizzato un oligonucleotide chiamato primer da un enzima differente. La reazione chimica catalizzata dalla RNA polimerasi è la seguente: i nucleotidi usati per estendere una catena di RNA in crescita sono ribonucleosidi trifosfato, i due gruppi fosfato del nucleoside entrante sono rilasciati come pirofosfato inorganico durante la reazione, ma il primo nucleotide in 5′ conserva il suo gruppo trifosfato.
La RNA polimerasi di E. coli è composta da cinque subuntià: due α, una β, una β’ e una σ. La β (151kD) e la β’ (156kD) sono molto più grandi della α (37kD). Sono state identificate diverse forme di subunità σ, con pesi molecolari tra i 28kD e i 98kD. Questa subunità è anche conosciuta come fattore σ, gioca un ruolo importante nel riconoscimento del sito d’inizio della trascrizione e ha anche l’attività elicasica per svolgere la doppia elica di DNA. La sintesi dei nucleotidi è veicolata dalle altre quattro subunità che, tutte insieme, sono chiamate core. Il termine oloenzima si riferisce a un enzima completo e funzionale. In questo caso l’oloenzima include il core e la subunità σ.
Classificazione di RNA polimerasi eucariotiche
Ci sono tre classi di RNA polimerasi eucariotiche: I, II e III, ognuna comprende due grandi subunità e 12-15 subunità più piccole. Le due subunità grandi sono omologhe delle subunità β e β’ di E. coli mentre due subunità più piccole sono simili alla α. Tuttavia la RNA polimerasi eucariotica non contiene nessuna subunità simile al fattore σ. Infatti negli eucarioti l’inizio della trascrizione deve essere mediato da altre proteine.
- La RNA polimerasi II è coinvolta nella trascrizione di tutti i geni proteici e in molti geni per sn-RNA; questa è indubbiamente la più importante tra le tre RNA polimerasi.
Le altre due trascrivono solamente geni che codificano per RNA;
- la RNA polimerasi I è localizzata nel nucleolo e trascrive i geni per i r-RNA eccetto l’r-RNA 5s.
- La RNA polimerasi III è localizzata esternamente al nucleolo e trascrive i geni per 5s r-RNA, t-RNA, U6 sn-RNA e alcuni piccoli geni di RNA.
