Le mappe di restrizione si ottengono dalla combinazione delle lunghezze dei frammenti generati per digestione totale o parziale di una molecola di DNA con uno o più enzimi di restrizione.
Le mappe di restrizione si ottengono dalla combinazione delle lunghezze dei frammenti generati per digestione totale o parziale di una molecola di DNA con uno o più enzimi di restrizione.
L’elettroforesi su gel di agarosio dei frammenti ottenuti consente contarne il numero, valutarne la lunghezza e determinare le posizioni relative dei siti sulla base delle loro distanze.
Talvolta è però necessario ricorrere ad una digestione parziale, per ottenere frammenti non completamente digeriti per discriminare tra mappe alternative, egualmente possibili.
Nell’esperimento riportato è rappresentata la determinazione della mappa di una piccola regione genomica con due enzimi di restrizione: è stata eseguita prima una digestione singola con ciascuno degli enzimi selezionati, poi una digestione doppia.
La mappatura dei siti di restrizione è molto utile per genomi di piccole dimensioni, come quelli virali.
Per genomi più grandi, l’elevata frequenza di siti di taglio produce molti frammenti di dimensioni simili, difficili da distinguere in agarosio e da organizzare in una mappa corretta.
E’ tuttavia possibile scegliere enzimi con frequenze di taglio molto basse che riconoscono sequenze contenenti motivi rari.
In questo caso, poichè la risoluzione di un gel di agarosio diminuisce con il crescere delle dimensioni delle molecole, è necessario ricorrere a tipi speciali di corse elettroforetiche, che utilizzano campi elettrici non lineari (per esempio la OFAGE).
