La scoperta di piccole molecole tramite la metagenomica funzionale è concentrata su antibiotici per le applicazioni farmaceutiche e per il loro ruolo nell'ecosistema.
Gli antibiotici tradizionalmente scrinati sono da molecole che inbiscono la crescita batterica a antibiotici delle librerie metagenomiche.
La scoperta di piccole molecole tramite la metagenomica funzionale è concentrata su antibiotici per le applicazioni farmaceutiche e per il loro ruolo nell'ecosistema.
Gli antibiotici tradizionalmente scrinati sono da molecole che inbiscono la crescita batterica a antibiotici delle librerie metagenomiche.
Con il saggio d'inibizione standard è stato scoperto un antibiotico inibente micobatteri, terragine, da cloni metagenomici di soil mantenuti in streptomices lividans. Una questione sulla quale ci si focalizza molto è come i microrganismi formino simbiosi con gli eucarioti, competano e comunicano con altri microrganismo ed acquisiscano nutrienti e producano energia.
Simbiosi: molti batteri simbionti sono altamente specializzati e un'antica relazione con i loro ospiti non permette una crescita rapida in coltura. Molti di loro vivono in strutture specializzate, spesso in culture altamente arricchite, in tessuti ospite, rendendoli i principali candidati per le analisi metagenomiche perchè il batterio può essere separato dall'ospite rapidamente.
Questo tipo di analisi è stata condotta nel seguente modo con:
• Cenarcaeum simbiosum che è un simbionte di spugne marine
• Un batterio di pseudomonas che è simbionte dei paederus beetles,
• buchnera aphidilcola, un simbionte obbligato di afidi.
• L'actinobacterium Tropheryma whipplei, che è il principale agente di prolungate infezioni croniche dell'intestino
• Proteobacterium un simbionte di un verme riftia pachyptila presente nelle profondità marine.
