La sigla sta per "randomly amplified polymorphic DNA"
• Amplificazione del DNA genomico “casuale”
• Non è richiesta alcuna conoscenza “a priori” del genoma del microrganismo da tipizzare
• Sequenza primer (un solo primer che dovrà legarsi ad entrambi i lati si lega sia in forward che in reverse) arbitraria molto corta, oligo 10 nucleotidi, naturalmente si usa primer già esaminati e si testa cioè si fanno esperimenti pilotia saggiando primer diversi.
La sigla sta per "randomly amplified polymorphic DNA"
• Amplificazione del DNA genomico “casuale”
• Non è richiesta alcuna conoscenza “a priori” del genoma del microrganismo da tipizzare
• Sequenza primer (un solo primer che dovrà legarsi ad entrambi i lati si lega sia in forward che in reverse) arbitraria molto corta, oligo 10 nucleotidi, naturalmente si usa primer già esaminati e si testa cioè si fanno esperimenti pilotia saggiando primer diversi.
• Profili RAPD differenti sono dovuti a variazioni nucleotidiche a livello di del sito di annealing dei primer
Quindi se escludo che è un primer aspecifico che c'è una temperatura molto bassa rispetto ad una PCR normale (50-60 C° normale nella RAPD 36 °C all'incirca naturalemnte dipende dal tipo di primer)
I limiti questa tecnica:
• Saggiare numero elevato di primer
• Interpretazione soggettiva perchè bande non molto ben visualizzabili
• Scarsa riproducibilità inter-laboratorio
• Scarsa riproducibilità intra-laboratorio
• Metodica dominante
• Assenza di un sistema di nomenclatura universale
Però utile in una prima fase di screening per dire in maniera veloce se due ceppi sono uguali oppure no poi ho bisogno di fare test più specifici per confermare con altre metodiche.
