I gel di acrilammide sono preparati facendo polimerizzare monomeri di acrilammide in presenza di piccole quantità di N,N’-metilenbisacrilammide.
La polimerizzazione inizia con l’aggiunta di ammonio persolfato (APS) e TEMED. Il TEMED catalizza la decomposizione dello ione persolfato:
si producono radicali liberi che attaccano i monomeri di acrilammide e ne avviano la polimerizzazione.
I gel denaturanti contengono, inoltre, anche SDS, un detergente anionico che denatura le proteine e gli conferisce carica negativa.La grandezza dei pori della matrice è determinata dalla percentuale di acrilammide presente
Si dicono gel in gradiente quelli in cui la concentrazione di acrilammide varia nella fase di caricamento (più lassa) e in quella di separazione (più concentrata). Il vantaggio dei gel in gradiente è che la separazione che si ottiene risulta migliore.
