I microarray di proteine, sono strumenti utili per molte applicazioni della proteomica. Le piastre in nitrato di cellulosa sono il miglior substrato possibile per microarray di proteine, ad esempio gli array proteici diretti ed i microarray proteici in fase inversa. La molteplicità degli spot proteici evidenziati sulla superficie della piastra permettono la visione simultanea di interazioni biomolecolari diverse.
Consentono:
• di ottenere un numero elevato di informazioni;
• di aumentare la velocità di attivazione;
I microarray di proteine, sono strumenti utili per molte applicazioni della proteomica. Le piastre in nitrato di cellulosa sono il miglior substrato possibile per microarray di proteine, ad esempio gli array proteici diretti ed i microarray proteici in fase inversa. La molteplicità degli spot proteici evidenziati sulla superficie della piastra permettono la visione simultanea di interazioni biomolecolari diverse.
Consentono:
• di ottenere un numero elevato di informazioni;
• di aumentare la velocità di attivazione;
L'approccio sperimentale è simile a quello del DNA abbiamo bisogno di aver posizionato sul substrato un ligando che trattenga le proteine
I vari tipi di molecole che legano:
• anticorpi
• recettori
• gli aptameri (molecole di DNA in grado di legare proteine)
Valutazione della risposta di una cellula
Sia a livello genetico, che a livello di traduzione, la risposta è sovrapponibile perchè è la risposta ad uno stimolo esterno.
Nel caso delle proteine possiamo valutare come varia il proteoma in risposta allo stimolo ed all'interazione proteina-proteina.
Esistono due tipi di microarray proteici:
• Protein detection array: prevede che sul vetrino siano posizionati una serie di ligandi capaci di riconoscere e legare una specifica proteina presente nel campione biologico che voglio saggiare. Questo tipo di array si usa per confrontare vari tipi di espressione di una determinata proteina in vari microrganismi (per esempio wild type mutanti). E' una tecnica solo di tipo qualitativo.
• Protein function Array: in questo caso sul vetrino non sono spottati dei ligandi ma delle proteine native di un determinato mcirorganismo. Perchè voglio valutare la loro funzione e la loro attività. Si consoce la sequenza del gene che codifica la proteina ma posso usare questo metodo anche se non so la funzione della proteina nel microrganismo.
Array Proteici: I limiti per quanto riguarda invece l’elettroforesi 2D risiedono principalmente nei lunghi tempi di esecuzione, che la rendono difficilmente applicabile a studi di diagnostica medica
Inoltre, la spettrometria di massa, pur essendo un ottimo strumento per l’identificazione delle proteine, non consente facilmente di quantificare la proteina in esame (anche se oggi nuove strategie consentono di ovviare a questi limiti).
